La historia fue catalogada como «una de las más extrañas, oscuras y tristes de toda la franquicia». Transportado a un mundo paralelo por fuerzas misteriosas provenientes de Skull Kid, Link se encuentra en un lugar que fue amenazado por el poder de un misterioso objeto conocido como la Máscara de Majora. Su misión es rescatar a los habitantes de este lugar, Termina, ante un inminente peligro que los acecha