Un malvado hechicero llamado Aghanim ha tomado control de Hyrule y usa su poder para liberar a Ganon de su aprisionamiento en el Mundo Oscuro. Tras rescatar a la Princesa Zelda del hechicero, Link libera a los descendientes de los siete sabios y debe fortalecer los sellos mágicos que mantienen aprisionado a Ganon